Soucieux de partager leurs expériences et leurs motivations, les élus des fleuves et des rivières de France, responsables d'EPTB, se sont regroupés au sein de l'Association française des EPTB en 1999. Elle est présidée depuis avril 2014 par Frédéric Molossi (Président de l'EPTB Seine Grands Lacs, Vice-Président du Conseil Départemental de Seine-Saint-Denis, Adjoint au Maire de Montreuil).
Les objectifs de l'AFEPTB : 
- Promouvoir et favoriser la gestion équilibrée de la ressource en eau, l'aménagement intégré et le développement durable des bassins hydrographiques,
- Assurer les échanges d'informations entre les EPTB,
- Ouvrir le dialogue avec tous les acteurs intéressés au présent et à l'avenir des EPTB, en particulier en France et en Europe,
- Etre l'interprète des EPTB auprès des pouvoirs publics pour porter des messages politiques et favoriser la mise en œuvre des évolutions réglementaires.

Les missions des EPTB :
Un établissement public territorial de bassin assure la cohérence et l'efficacité de l'action publique à l'échelle du bassin hydrographique par son rôle d'information, d'animation et de coordination. Sa mission consiste à faciliter la gestion équilibrée de la ressource en eau à l'échelle d'un bassin hydrographique cohérent. Le concept de gestion équilibrée de la ressource en eau se comprend dans sa globalité, il implique notamment la prévention des inondations, la préservation et la gestion des zones humides ou la contribution à l'atteinte du bon état écologique à l'échelle du bassin hydrographique cohérent.

Une carte et un annuaire des 32 EPTB existants sont disponibles sur le site de l'AFEPTB.